Medair heeft in de humanitaire hulpverleningsector een stevige reputatie van integriteit en professionaliteit opgebouwd. Als één van de weinige NGOs (niet-gouvernmentele organisatie) heeft Medair wereldwijde ISO 9001:2000 erkenning. Het unieke en innovatieve kwaliteitssysteem dat gebruikt wordt, is gebaseerd op het streven naar een resultaat waarmee niet alleen fondsengevers, maar ook ontvangers van de hulp tevreden zijn. ISO verklaart dat het Quality Management System certificaat is afgegeven voor: "Alle humanitaire en administratieve activiteiten van Medair, zowel in landen in crisis als op het hoofdkantoor in Zwitserland en op de nationale kantoren in Europa".

Het ZEWO certificaat, dat alleen afgegeven wordt aan door de regering erkende Zwitserse organisaties, toetst het efficiënte gebruik van giften. Het garandeert de integriteit van Medair’s publicaties en in het bijzonder de brieven of andere communicatie-uitingen waarin verzocht wordt geld te doneren. De certificatie is gebaseerd op strikte eisen aangaande de boekhouding en transparantie over het handelen van de organisatie. Medair’s functioneren op deze gebieden wordt regelmatig getoetst door een onafhankelijke controleur.